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Bien reçu, bien téléchargé... et tout baigne dans l'huile !   

Je pense que tu es victime d'un effet de Moiré. Reconstitution (regardez les copies d'écran suivantes à 100%) :



(i) Je travaille sur un écran 1920x1200. Effectivement, quand je regarde ton image à 50% d'échelle et que j'aplatis, l'affichage s'assombrit, comme si ton réglage de niveau n'était pas pris en compte. 
(i)Je reviens en arrière (CTRL Z) et  je fais une copie de ton image dans un nouveau calque  (CTRL ALT MAJ E) : même effet d'assombrissement, mais ton image est bien restée inchangée par dessous le calque aplati. Bizarre ? Vous avez dit bizarre ?
(iii) Je passe à 100 % d'échelle et je compare ton image au calque aplati :  miracle, c'est pareil !

Mon interprétation est que quand on affiche une image à moins de 100% d'échelle, il y a évidemment des interpolations pour calculer ce qu'on va mettre dans chacun des pixels de l'écran et que, manifestement, dans le cas d'une image multi-calque, le logiciel ne procède pas au calcul des points de toute l'image composite avant de faire cette interpolation pour son affichage réduit (sinon, le calque aplati serait toujours affiché comme l'image multi-calque). J'imagine qu'il ne fait cette interpolation que pour le premier calque et qu'il calcule ensuite l'effet de chaque réglage sur cette image réduite — ça économise du temps de calcul.  

A 50% d'échelle, on a des effets de moirage dans ton image et ils sont bien plus forts dans l'image multi-calques que dans sa version aplatie, et, dans les deux cas, bien plus forts que quand on observe à 100%

Dernière remarque : on a les mêmes problèmes avec Photoshop, si ça peut consoler