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Si j'ai bien compris, tu veux remplacer le magenta de la couche magenta de ton image par une autre couleur. Je ne pense pas que tu puisses faire ça juste avec des remplissages à l'intérieur de la palette des canaux. Ce que j'essaierais :
1 - créer un nouveau calque vide au-dessus du calque de ton image
2 - aller dans la palette des canaux et charger le canal magenta dans la sélection de pixels
3 - revenir dans la palette des calques. Activer le calque vide et le remplir (à travers la sélection) avec ta couleur de remplacement. Désactiver ce calque (pas obligatoire, mais ça permet de mieux surveiller l'étape suivante)
4 - sélectionner le calque d'arrière-plan, revenir dans la palette des canaux et faire un clic droit sur la ligne Arrière-plan magenta (ça efface la couche magenta de ton image originale
5 - retour côté calques. Réactiver le 2ème calque et choisir le mode de fusion "obscurcir" 

Sans garantie...