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Per « repères », je suppose que tu parles de traits verticaux ou horizontaux. Le plus simple et le plus propres pour ça est de faire un tracé en mode Ligne (outil plume, 4ème option pour le « Mode » dans la barre des options. Tu peux ainsi obtenir sur un seul tracé tous les traits qui auront la même épaisseur (épaisseur à choisir dans les options de trait dans la barre des options)

Pour la couleur, c'est beaucoup plus coton ! D'abord, c'est tout juste visible, sauf pour les personnes très sensibles aux nuances, et le premier geste est donc rendre le problème bien visible :

Ma méthode est de 

• dupliquer trois fois l'une des images sur un nouveau calque (j'ai pris la première, en haut à gauche)
  
• déplacer ces copies par dessus les 3 autres images
  
• les mettre toutes trois en mode de fusion différence
  
• Le ciel devrait partout passer au noir s'il était le même sur toutes les images. Ce n'est pas le cas,  mais on ne voit pas assez bien les différences parce qu'elles sont trop petites. Pour mieux les voir, on ajoute tout en haut le réglage par courbe recopié en haut à gauche, à très grand gain 
  

Conclusions :

• les images 1 et 2 sont très proches ; à mon avis, la différence ressort du bruit 
  
• les images 3 et 4 sont sensiblement différentes, surtout la 3, et cette différence n'est pas homogène. Je souligne, parce que ça va évidemment compliquer le traitement.
  

Le traitement demande une certaine expérience. On va opérer image par image, avec le même dispositif d'analyse. Sur les images 3 et 4

• faire une sélection de toute l'image
  
• juste au-dessus du calque original, ouvrir un premier réglage par courbe pour un premier soin uniforme sur toute l'image dans le but d'assombrir le plus possible le ciel dans le haut de l'image (la moins touchée). Avec le «sélecteur de couleurs», déposer un point de réglage (un seul !) sur chacune des courbes RVB, et faites glisser ce point pour assombrir au mieux. 
  
• La zone la plus touchée de l'image n'a pas été guérie. Il faut en faire une sélection approximative au pinceau en mode masque (en veillant à ne pas déborder de l'image), en prenant surtout les points les plus gravement atteints, et ouvrir un nouveau réglage par courbe sur cette sélection. Même méthode, faites de votre mieux pour assombrir l'affichage sur ciel. Si vous n'y arrivez pas bien, vous pouvez ouvrir une nouvelle sélection et recommencer.
  
• A la fin, désactiver les calques en différence et la courbe à grand gain
  

Pour ma part, j'ai obtenu ça :



(j'ai retouché l'image 2, mais après coup, je pense que ce n'était pas indispensable)