[Alain29]

Salut loic
La gestuelle de la pipette diffère selon:

► Le Panneau couleur
Il faut maintenir et faire un cliqué glissé  sur l'icône de la pipette  et le déplacer sur un élément coloré de ton document
Une loupe s'affiche et on note que  le petit cercle situé à droite de la pipette change de teinte en temps réel
On relâche le clic pour capturer la teinte.
Un clic sur cette pipette s'applique aux objets sélectionnés (bleutés) du panneau Calques.





► L'outil Pipette




Depuis la barre verticale des outils on l'active
soit par son raccourci "I"
soit en faisant un seul clic gauche sur son icône 
Le curseur change et devient une croix que l'on déplace sur un élément coloré 


Un 2ème clic sur la couleur de l'objet capture la teinte

Si l'on fait ensuite un cliqué glissé gauche maintenu on affiche aussi la loupe  mais  le petit cercle situé à droite de la pipette ne change pas de teinte en temps réel
La capture de la couleur s'affichera dans le panneau couleur seulement au relâchement du clic gauche.


A NOTER
Depuis la barre contextuelle de l' outil on peut jouer aussi pour avoir différents rayons ( 1px à 257px )
La pipette est directement liée soit au trait soit au contour.
D'après ta capture d'écran c'est le trait qui est sélectionné , peut être voulais tu appliquer une couleur au remplissage des 2 calques sélectionnés alors que c'est la couleur du trait qui est activé.
Etait ce là ton erreur aussi ?

Si malgré tout le problème persiste. .....reboote  Affinity Designer en maintenant la touche CTRL enfoncée