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Je ne suis pas certain d'avoir compris ce que tu demandes — qu'entends-tu pas « coller sur » ? Merci d'utiliser le jargon Affinity Photo — quand celui-ci existe ! 

Mon interprétation : tu ouvres une nouvelle image, dans laquelle tu crées un premier calque B, puis un calque A, juste au-dessus dans la palette des calques. L'un et l'autre sont des calques de pixels.

Si tu groupes les deux calques, ça ne change rien à l'image.

Si tu mets le calque A dans le presse-papier avec un CTRL X (c.à.d. en l'enlevant de l'image) et que tu le colles sur le calque B avec un CTRL V, tu reconstitues l'image initiale avec ses deux deux calques. Clairement, ce n'est pas ça qui t'intéresse. Au lieu du simple CTRL V, si on va voir au menu Édition,  on trouve pas moins de 5 façons de faire le collage, dont «coller à l'intérieur», qui est peut-être ce qui t'intéresse. En fait, ça place le calque A en enfant éloigné du calque A (terminologie brevetée ch22, on sort du jargon Affinity   )

Le résultat est le même qu'en partant des deux calques (A au-dessus de B), en sélectionnant A et en appelant le menu Organiser > Placer à l'intérieur. L'effet est de faire apparaître B partiellement  recouvert par les pixels du calque A dans la partie commune aux deux calques.

On peut faire un autre arrangement en plaçant le calque A en enfant direct du calque B (toujours dans mon jargon). Dans la palette des calques, il suffit de prendre la vignette du calque A et de la faire glisser au-dessus de la vignette du calque B. On voit alors le calque B découpé par le calque A, comme si ce dernier était un emporte pièce pour le calque .

Ce 2ème arrangement peut aussi être obtenu à partir du groupe des deux calques A et B, en mettant le calque A dans le mode de fusion Effacer.