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je ne vois pas comment récupérer les 2 images, une fois le recadrement effectué 

Je reformule. Une fois les deux calques l'un sur l'autre :
- sélectionner l'un des deux
- Menu Calque > Tramer et ajuster (les pixels rognés dans ce calque sont définitivement supprimés)
- CTRL X (ce calque disparait et passe dans le presse papier
- Menu Fichier > nouveau depuis presse-papier : le calque supprimé réapparait dans un nouveau document
- retour à l'ancien document. Il n'y a plus qu'un calque, mais qui contient toujours les pixels rognés par le recadrage. Il faut donc rappeler le menu Calque > Tramer et ajuster
- C'est terminé, tu te retrouves avec tes deux images ouvertes dans deux documents séparés, tous deux recadrés. A toi de jouer pour la suite, tu peux les enregistrer séparément (en afphoto, donc) ou bien les exporter


Dans ta procédure, tu n'as pas besoin de passer par un groupe, le recadrage agira sur les deux calques à la fois. Par ailleurs, comment sépares-tu les deux calques pour l'enregistrement final ? Si tu les exportes (attention, toujours bien utiliser le jargon Affinity), OK, les pixels rognés lors du recadrage seront bien supprimés. Si tu enregistres (au sens Affinity), tu vas rester dans le monde afphoto et les pixels rognés seront toujours là